W Programie WinCN można dowolnie tworzyć i edytować grupy użytkowników. Określają one do jakich danych ma dostęp użytkownik i jakie dane może on modyfikować.
Administratorzy
Użytkownik należący do tej grupy ma pełne uprawnienia do pracy z programem. Ma pełny dostęp do listy użytkowników, obiektów, sterowników itp. Może je dodawać, usuwać i dowolnie modyfikować. Może dodawać i usuwać użytkowników, modyfikować ich uprawnienia itd.
Grupy typu "Gość"
Użytkownik grupy typu "Gość" ma dostęp jedynie do obiektów które są udostępnione tej grupie.Dostępne funkcje interfejsu (takie jak Sterowanie, konfiguracja) można również indywidualnie ustalić w zależności od potrzeb. Przykładowo grupa Serwisant może mieć uprawnienia do funkcji sterowania np. zmiana progów alarmowych obiektu, ale ale nie mieć uprawnień do zmiany konfiguracji obiektu czy do jego usunięcia.